La storia inizia nel Heisei 10 (1998 dC) Siamo in un universo alternativo simile al nostro se non per il fatto che qui la guerra fredda non è mai finita e l'URSS esiste ancora. Per salvaguardare gli equilibri mondiali è stata creata un'organizzazione non governativa, la Mithril, formata da mercenari che non parteggiano né per l'est, né per l'ovest e si possono definire paladini della libertà e della giustiza
Tra i membri più valenti dell'organizzazione c'è Sousuke Sagara, un ragazzo di sedici anni che sin da piccolo ha conosciuto solo campi di battaglia, specialmente in Medio Oriente, e che quindi sa ragionare solo in termini militareschi. Il ragazzo viene incaricato di proteggere Kaname Chidori, una normalissima (e bellissima) studentessa liceale giapponese, che in realtà nasconde inconsapevolmente un grande segreto. Kaname infatti è una Whispered, e nel suo cervello è custodito il segreto della Black Technology, una tecnologia talmente sofisticata da rendere obsolete perfino le armi nucleari.
Sousuke quindi deve proteggere la ragazza, iscrivendosi nella sua stessa scuola e finendo per combinare disastri su disastri (si veda Full Metal Panic? Fumoffu) essendo infatti abituato al solo mondo militare, il ragazzo si dimostra incapace di comprendere il mondo dei civili, scambiando gesti comuni per tutti gli altri per improbabili minacce e arrivando a portare a scuola ogni genere di arma. La trama poi si dipana tra azioni spericolate, lotte contro terroristi e problemi della vita quotidiana che a causa di Sousuke diventano grandi problemi.
Prima Tv: 2002-01-08
S1E1 Il tipo che mi dà da pensare è un sergente
S1E2 Voglio proteggerti
S1E3 Lingerie panic
S1E4 Kidnap
S1E5 Whispered
S1E6 Boy Meets Girl
S1E7 Still Alive
S1E8 Part-time steady
S1E9 La pericolosa base operativa
S1E10 Run running run
S1E11 Il risveglio del behemoth
S1E12 One Night Stand
S1E13 Il rock & roll del gatto e del gattino
S1E14 Grande entusiasmo a Narashino
S1E15 Il vento che danza in patria - Parte iniziale
S1E16 Il vento che danza in patria - Parte centrale
S1E17 Il vento che danza in patria - Parte finale
S1E18 Un party in fondo al mare
S1E19 Engage • Six • Seven
S1E20 Il fuoco del Venom
S1E21 Deep Trap
S1E22 Jack in the Box
S1E23 Il campo dei giganti
S1E24 Into the Blue
Prima Tv: 2003-08-26
S2E1 The Man From the South - A Hostage With No Compromise
S2E2 Hostility Passing-By - A Fruitless Lunchtime
S2E3 Summer Illusion of Steel
S2E4 The Hamburger Hill of Art - Single-Minded Stakeout
S2E5 The Pure Yet Impure Grappler - Trespassing on Good Faith
S2E6 The Hard Sell Fetish - The Patient of Darkness
S2E7 The Warcry of Excessiveness
S2E8 A Goddess Comes to Japan - Part 1
S2E9 A Goddess Comes to Japan - Part 2
S2E10 A Fancy Without Honor or Humanity
S2E11 Uncontrollable Bluebird
Prima Tv: 2005-07-14
S3E1 Episodio 1
S3E2 Episodio 2
S3E3 Episodio 3
S3E4 Episodio 4
S3E5 Episodio 5
S3E6 Episodio 6
S3E7 Episodio 7
S3E8 Episodio 8
S3E9 Episodio 9
S3E10 Episodio 10
S3E11 Episodio 11
S3E12 Episodio 12
S3E13 Episodio 13
Prima Tv: 2018-04-13
S4E1 Episodio 1
S4E2 Episodio 2
S4E3 Episodio 3
S4E4 Episodio 4
S4E5 Episodio 5
S4E6 Episodio 6
S4E7 Episodio 7
S4E8 Episodio 8
S4E9 Episodio 9
S4E10 Episodio 10
S4E11 Episodio 11
S4E12 Episodio 12